AXIMA-TOF²是高灵活性研究级别的高端质谱仪。可分析从蛋白质组学及各种生物或有机样品的高能MS/MS到大分子完整蛋白的分析。

AXIMA-TOF²的主要特点：

①配备真正的CID室，可进行20keV高碰撞能的MS/MS解析。与以往的 Post Source Decay (PSD) – MS/MS比较，可获得信息量丰富的MS/MS数据，提高蛋白质解析的准确性可靠性。

②对以往的Curved Field Reflectron进行多次改良而成的novaCFR实现了MS/MS测定的高灵敏度化。

③新开发的双离子门 monoPULSE 在1,000Da上的分辨率为400，即可以分离出质量数相差约2Da的母离子进行MS/MS测定。

④利用Low Mass Zoom功能，可进行低质量区域的碎片离子高灵敏度高分辨率的检测。

⑤特别是在蛋白质组学的研究领域，Peptide Mass Fingerprinting (PMF) 解析的自动化、根据PMF解析结果的数据依赖的MS/MS解析等，实现了解析日常工作的自动化。

⑥最近，不使用二维电泳而使用LC分离蛋白质样品并在线进行MALDI-TOFMS解析的“LC-MALDI法”引人注目。AXIMA-TOF²配备支持本公司已售MALDI点样器 AccuSpot，对应LC-MALDI法的软件。

AXIMA-TOF²的蛋白质组学解决方案包括灵活的设计满足不同用户的需要：从简单样品人工操作到全自动数据依赖的PMF和MS/MS蛋白质鉴定，使用者可以任意选择，二采集到的PMF数据可以由软件自动衔接到蛋白鉴定Mascot数据库进行检索。用户还可以自行设定可接受的基于PMF的蛋白鉴定分数。

数据依赖的MS/MS分析：根据PMF检索结果，可以选择匹配的蛋白肽段进行MS/MS分析（MS/MS确认）；另外，也可以选择未匹配的蛋白肽段进行MS/MS分析（MS/MS研究）。这些MS/MS谱图可以全自动进行批处理检索，以得到更高可信度的蛋白鉴定结果。

数据可以保存并根据需要随时进行再处理并送入数据库检索以获取更多的信息。在进行多肽样品的MS/MS测定时，在MALDI离子源生成的离子在第1TOF部分飞行，在高性能离子门进行母离子的选择。并且，被选择的母离子在高能量CID室通过与He气碰撞进行解离，之后，在配备新开发的Curved Field Reflectron的第2TOF部分进行质量分离后，由反射装置检测器检测，获得MS/MS谱图。

Low Mass Zoom 功能是用于提高MS/MS谱图低质量区域的碎片离子的检测灵敏度以及分辨率的功能。这个功能可以弥补不进行碎片离子的二次加速的Curved Field Reflectron 型TOF/TOF的缺点。Low Mass Zoom谱图中，在质量值（m/z）100前后的低质量区域上，可确认灵敏度以及分辨率得到提高。如下图：

AXIMA-TOF²完全支持LC-MALDI靶板上的样品的数据采集，然后通过MS/MS数据进行蛋白鉴定。软件带有的工作流程表可以自动提供靶板上所有样品点的强度分布图；评判多肽的分布；决定色谱峰的最高点位置；由此列出候选样品点名单，并进行不连续样品点的MS/MS数据采集。排除名单可以用于排除某些已知污染物或高分度多肽，产生的所有数据都被直接送入Mascot进行数据库检索，得到蛋白鉴定结果。