目前，在分析仪器中，色谱仪器具有重要地位。由于色谱仪的色谱柱具有高效的分离能力，把物质按保留时间大小进行分离，然后通过与标样保留时间进行对比的方法确定物质性质，因此对未知样品很难定性分析。而质谱仪是直接测定物质的质量数与电荷的比值(m/z)在定性分析方面既准确又快速。把色谱与质谱联合起来使用，实际上是把质谱仪作为色谱仪的一个通用检测器来使用。色谱仪有很多检测器，如TCD、FID、ECD、FPD、NPD等，每种检测器只有一定限度的适用范围，不能通用，造成使用不便。而质谱仪作为质量检测器可以取代色谱仪的多种检测器，通用性强，使用极其方便。所以说色—质联用仪器把色谱的高效分离作用与质谱计对未知样品的准确鉴别能力相结合，把分析仪器提高到一个新水平，凡是能使用色谱仪的地方，均可以使用色—质联用仪器。目前，国际上公认，色—质联用仪器在当前仪器分析中占有非常突出的地位。
    色—质联用仪器是色谱技术、质谱技术与计算机技术三种现代化技术紧密结合的产物。由于技术难度大，我国一直不能生产，每年要花大量外汇进口，据统计，2005年我国进口的各种色—质联用仪约600台。每台平均售价60~100万人民币。 GC-MS3100型气相色谱—质谱联用仪。这是我国第一台商品化色—质联用仪器，各项技术指标接近于当前国际先进技术水平。
    可配置国外谱图库，如NIST、WILEY、DRUG…等实现自动检索。
色—质联用仪应用范围
1、凡是需要气相色谱仪进行检测的场合，特别是对未知样品进行定性分析的地方
2、应对各种突发事件，如有害物质泄漏、重大环境灾害等
3、反恐斗争、禁毒缉毒、爆炸物品分析等
主要技术指标
1、质量数范围：1.5~800amu
2、质量分辨率：2M
3、扫描速度：全程可调，最高3000amu/sec
4、离子源：EI电子轰击源，独立加热系统120~350℃可控
5、检测器：电子倍增器
6、真空系统：(标准配置)70L/s空气冷却涡轮分子泵加前级真空泵，可选240L/s涡轮分子泵
7、色谱配置： GC-4000A系列FID单检测器色谱配毛细管进样系统，GC-MS通过毛细管直接连接。传输线温度50~350℃可控
8、计算机系统：内部已有计算机系统进行数据处理与自动控制。可加配任何型号PC机及打印机
基本工作原理
    为了质谱仪器的正常工作，必须要组成高真空系统的真空室。仪器使用了高性能的涡轮分子泵与前级真空泵构成两级真空机组以确保所需的真空。被分析样品经毛细管柱分离，进入离子源。采用电子电力标准配置(EI)，产生正离子，在推斥、聚焦、引出电极的作用下将正离子送入四极杆系统。四极杆在高频电压与正负电压联合作用下形成高频电场，在扫描电压作用下，只有符合四极场运动方程的离子才能通过四极杆对称中心到达离子检测器，再经离子流放大器放大，产生质谱信号。得到了质谱图，通过解释谱图或进行谱库检索以识别未知样品的组成。