生物安全实验室装修应遵从以下原则：
 
一、科学合理的原则
传染性和致病性再强的病原微生物，只要它不和人体接触，感染就不会发生。
1．屏障原理  把病原体围场在一定空间范围内，使之避免暴露在开放的环境中，操作者间接对其操作(如手套、机械手等)，在围场内接触的空气和水体经过处理后排放。在实验室内使用的生物安全柜，实验室设施均属此类。
2．过滤原理  在围场(包括安全柜和实验室)内接触的空气均视为污染的有害物质，把实验室内空气经过HEPA滤器过滤后或其他净化后排放，以保护环境。
3．消毒灭菌原理  实验室污染区和半污染区的一切物品，包括空气、水体和所有的表面(仪器)等均被视为污染有危害的。所以都要对其消毒处理，特别是对实验后的废液，器材和手套务必严格处理。废液废物在拿出实验室之前务必彻底灭菌。在实验完成后撤离实验室过程中每一步要用有效消毒把好关，以防有害因子的泄漏。
4．个人防护原理：由于屏障的作用不可能是百分之百可靠，万一操作中有所疏漏也是很危险的，所以要按要求做好个人防护。个人防护要适宜、科学。建议个人防护分三级。一级防护用于BSL-1和BSI．-2，二级防护用于BSI．-3，三级防护用于BSL-4。
 
二、安全首位的原则
安全是生物安全实验室装修的直接目的，建造中一切不利安全的设计都应取缔，一切与生物安全有冲突的参数设计都应服从安全的要求。例如：净化要求要服从安全，使用方便服从安全，节约服从安全，人性化服从安全。
 
三、软件在先的原则
生物安全实验室装修前做好对拟从事的病原微生物和研究内容的危险评估，一定要有科学、合理的总体构思和概念设计。在此基础上要根据操作过程的梗概进行平面布局工艺设计，然后再进行空调通风和电控等的具体设计。
 
四、管理严格的原则
一定要按照国务院发布的《病原微生物实验室生物安全管理条例》进行管理。这个条例对致病微生物的管理原则是：病原微生物是分类管理，实验室是分级管理。
 
五、远离病原的原则
生物安全实验室装修是为了研究致病微生物和高致病微生物，必要的实验必须在实验室内进行。但是，非必要的时候尽可能少接触病原体或少进实验室。例如，能在半污染区做的不进污染区；能在清洁区做的不进半污染区；进实验室2人能完成不用3人；无关人员不进实验室。使用实验室后应及时净化处理和灭菌，不要存留污物。不用的需要保存的菌(毒)液应送到

保藏机构保存。
 
六、预防为主的原则
从事病原微生物实验活动，对实验室感染应采取预防为主的原则，要把握三个环节，即：
1．实验室要使用经过生物和物理的检测并且合格的安全柜、排风过滤器和高压蒸汽灭菌器，确保达到零泄漏。
2．通过对实验过程的安全监测，发现问题要及时采取预防和改进措施。
3．发现有实验室感染的征兆，要及时采取隔离治疗措施，以防止出现二代病例。
 
七、使用方便的原则
实验室建造在保证安全的前提下，应考虑工作过程中活动合理方便的问题。所以在制定方案时应该征求使用人的意见。