1.       荧光光源暖机。（对荧光显微镜而言）
2.       在未放玻片的情况下，将拍摄拉杆调至数码摄像头，进行白平衡。
3.       将拍摄拉杆调节到目镜观察位置。
4.       调整瞳孔距离
5.       调整视差
6.       在明视野，低倍物镜下寻找目标，对焦
7.       换合适的物镜，对焦。
8.       调整光源亮度
9.       调整聚光镜
10.   根据需要调整滤光片或者是光圈

在目镜中可见清晰图像时候，将显微镜调整到数字摄像头操作步骤如下：
11.   调节拍摄拉杆将影像转至数字摄像头。
12.   亮视野下检查是否合焦，不合焦的话转动细调焦旋钮对焦。此时应为明视野，保持相机在高帧率状态。
13.   调节摄像头的色彩，可以根据需要做手动白平衡，或者手动调节红色，绿色，蓝色的增益值。
14.   拍摄照片，

 拍摄时候，亮视野情况下，cmos相机应将gain值较低，并根据需要调节饱和度。

荧光照片拍摄，应根据推荐选择合适增益值，并将相机帧率调低，保证拍摄照片的噪点较低。

如果需要拍摄较好的荧光图片，相机应该为显微拍摄做过优化，能进行制冷，减少噪点。此外相机最好帧率可调，降低噪声。