将RNA或DNA变性后直接点样于硝酸纤维素膜或尼龙膜上，用于基因组中特定基因及其表达的定性及定量研究，称为斑点印迹(dot blot)。由于斑点较大而且尺寸变化无常，故不易进行精确定量。尽管如此，由于其简便、快速，在许多情况下仍采用RNA杂交斑点来衡量某一特定组织或培养细胞内特异基因的表达强度。近年来，设计了一种多孔过滤加样器，许多核酸样品可以同时加样并以固定的带型聚积于硝酸纤维素滤膜上，而这种带型便于用密度扫描仪进行定量检测。

斑点印迹为圆形，而狭缝印迹为线状。一般来说，斑点印迹更为清晰，定量更为准确。