如果PCR反应不慎发生污染，应逐一分析排查污染源。

一、设立对照组：

每次扩增均应设立PCR体系中各试剂的随机对照组，即除模板DNA外应包含PCR反应所需的全部组分。若扩增结果中对照组为阳性，则表明有一种或数种试剂被污染。

排查方法：将PCR反应所需各组分试剂分别置于不同的扩增反应管进行扩增，结果阳性的试剂即为被污染试剂。

二、排查环境污染源：若排除试剂污染或更换试剂后，仍然发现污染情况，则考虑可能为环境污染。应从以下装置仪器方面进行排查：

(1)模板提取时真空抽干装置；

(2)凝胶电泳加样器；

(3)电泳装置；

(4)紫外分析仪；

(5)切胶用刀或手术刀片；

(6)离心机；

(7)冰箱门把手，冷冻架，门把手或实验台面等；

(8)气溶胶；

排查方法：

(a)用无菌水浸泡过的灭菌棉签擦拭可疑污染源。

(b)0.1ml去离子水浸泡。

(c)取5ml做PCR实验。

(d)电泳检测结果。

若经上述排查仍无法确定污染源，则怀疑污染空气PCR产物气溶胶污染造成，则应考虑重新设计新的与原引物无相关性的引物或可更换实验场所，以消除污染影响。