食品中残留抗生素的量一般很低，对机体的直接毒性也较小，但长期摄入后会在体内蓄积，给人体健康带来潜在或直接的危害。长期食用残留有抗生素的食品可能导致病菌产生耐药性，从而严重影响人们的疾病治疗。

　　另外，有些抗生素，例如青霉素、四环素、磺胺类药物以及某些氨基糖苷类抗生素，即使剂量很低也可能引起易感个体的过敏，严重者可引起皮疹、呼吸困难、休克等症状，甚至危及生命，其中以使用范围广的青霉素影响最大，它能迅速产生很强的免疫性;有些抗生素对造血淋巴系统和内脏器官有影响，可能降低免疫功能;某些抗生素甚至具有致畸、致癌、致突变的作用，如氯霉素可引起血细胞减少，甚而导致人体再生障碍性贫血，并容易引起早产儿及新生儿的循环衰竭。